弹性高性能计算E-HPC 命令行提交作业

准备工作

在使用命令行提交作业前，请确保：

• 已通过用户管理创建了非root用户。
• 了解登录集群的SSH登录相关操作。
• 了解如何导入数据，把数据放在当前用户的$HOME目录。

您需要先通过ssh客户端远程登录到集群。

注意：不推荐使用root帐号进行任何作业提交，避免作业脚本中的误操作导致E-HPC集群数据遭受破坏。

提交作业

相关约定

以下假定作业相关文件路径为：

  

   
$HOME/test.py # 作业执行程序
   
$HOME/test.data # 作业相关数据
  

作业执行命令行为：

  

   
test.py -i test.data
  

作业调度

E-HPC目前支持多种主流的高性能计算作业调度器：

• PBS pro
• SLURM
• SGE（Sun GridEngine）

PBS

  

   
$ cat > test.pbs
   
#!/bin/sh
   
#PBS -l ncpus=4,mem=1gb
   
#PBS -l walltime=00:10:00
   
#PBS -o test_pbs.log
   
#PBS -j oe
   
cd $HOME
   
test.py -i test.data
   
$ qsub test.pbs
  

PBS作业调度脚本test.pbs解释如下：

• Line3是对作业所需计算资源的预估：需要4个CPU核及1GB内存。
• Line4是对作业运行时间的预估：10分钟。
• Line5是指定stdout输出文件。
• Line6是把stderr和stdout的输出合并到上面指定的输出文件。
• Line7~8为作业具体执行命令。

PBS结合算例的使用示例可参考：

• GROMACS（算例2）
• LAMMPS（PBS提交作业部分）

更详细的使用文档可参考PBS官方的PBS User Guide。

SLURM

  

   
$ cat > test.slurm
   
#!/bin/sh
   
#SBATCH --job-name=slurm-quickstart
   
#SBATCH --output=test_slurm.log
   
#SBATCH --nodes=1
   
#SBATCH --ntasks=1
   
#SBATCH --cpus-per-task=1
   
#SBATCH --time=00:10:00
   
#SBATCH --mem-per-cpu=1024
   
cd $HOME
   
test.py test.data
   
$ sbatch test.slurm
  

SLURM结合算例的使用示例可参考：

• LAMMPS
• WRF

更详细的使用文档可参考SLURM官方说明。

SGE

  

   
qsub -V -b y -cwd hostname
   
qsub -V jobscript.sh
   

   
更详细的使用参考qsub的manual