【报错原因】
在mysql5.6.14版本中，mysql_install_db命令读取my.cnf配置文件时，只会读取[mysqld]配置模块，它不会读取多实例中配置的[mysqldNNN]，所以在本案例中，虽然my.cnf配置了ibdata大小为1G，但是mysql仍然使用默认的12M。
【解决方法】
修改my.cnf，把[mysqldNNN]依次修改为[mysqld]，执行完初始化之后，在把它修改回去。
【可能的其它原因】
网上有由于datadir路径空间不足导致的报错，但是除非my.cnf中配置的ibdata非常大，一般在线上情况不会发生的。