一、备份数据库，命名为temp.sql，计算其MD5值（MD5计算方法见MD5.java）

		String dos = "cmd /c mysqldump -uroot -pwugroup weixin> D:/mysql_back/temp.sql";// Dos命令
		Runtime.getRuntime().exec(dos);// 执行dos命令
		Thread.sleep(1000);// 睡眠一分钟，防止下面那条代码执行太快
		File fileTemp = new File("D:/mysql_back/temp.sql");
		String fileTempString = FileString.getFileString(fileTemp);
		String fileTempMd5 = MD5.GetMD5Code(fileTempString);

二、遍历备份的目录，计算目录下文件的MD5值，分别与temp.sql比较

		File dir = new File("D:/mysql_back");
		File[] fs = dir.listFiles();
		for (int i = 1; i < fs.length; i++) {// i从1开始是为了跳过temp.sql这个文件
			String fileString = FileString.getFileString(fs[i]);
			String fileMd5 = MD5.GetMD5Code(fileString);
			// System.out.println(fileTempMd5);
			// System.out.println(fileMd5);
			if (fileMd5.equals(fileTempMd5)) { // 如果有和这个文件一样的文件那么就退出
				System.exit(0);
			}
		}

四、如果有一样的则退出程序

			if (fileMd5.equals(fileTempMd5)) { // 如果有和这个文件一样的文件那么就退出
				System.exit(0);
			}

五、如果目录下所有文件都不一样则将temp改名为当前时间保存

		String name = new SimpleDateFormat("yyyyMMddHHmmss").format(new Date()).toString();// 获取当前时间并格式化
		File rename = new File(fileTemp.getParent() + File.separator+ "weixin_" + name + ".sql");// 如果没有这个文件那么将创建的temp文件重命名	
		// System.out.println(rename);
		fileTemp.renameTo(rename);
		System.exit(0);

附代码：

package backup;

import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.text.SimpleDateFormat;
import java.util.Date;

/**
 * 
 * @author wuxingye
 * 
 */
public class Main {

	/**
	 * main函数
	 * 
	 * @param args
	 * @throws IOException
	 * @throws InterruptedException
	 */
	public static void main(String[] args) throws IOException,
			InterruptedException {
		String dos = "cmd /c mysqldump -uroot -pwugroup weixin> D:/mysql_back/temp.sql";// Dos命令
		Runtime.getRuntime().exec(dos);// 执行dos命令
		Thread.sleep(1000);// 睡眠一分钟，防止下面那条代码执行太快
		File fileTemp = new File("D:/mysql_back/temp.sql");
		String fileTempString = FileString.getFileString(fileTemp);
		String fileTempMd5 = MD5.GetMD5Code(fileTempString);
		// TODO Auto-generated method stub
		File dir = new File("D:/mysql_back");
		File[] fs = dir.listFiles();
		for (int i = 1; i < fs.length; i++) {// i从1开始是为了跳过temp.sql这个文件
			String fileString = FileString.getFileString(fs[i]);
			String fileMd5 = MD5.GetMD5Code(fileString);
			// System.out.println(fileTempMd5);
			// System.out.println(fileMd5);
			if (fileMd5.equals(fileTempMd5)) { // 如果有和这个文件一样的文件那么就退出
				System.exit(0);
			}
		}
		String name = new SimpleDateFormat("yyyyMMddHHmmss").format(new Date())
				.toString();// 获取当前时间并格式化
		File rename = new File(fileTemp.getParent() + File.separator// 如果没有这个文件那么将创建的temp文件重命名
				+ "weixin_" + name + ".sql");
		// System.out.println(rename);
		fileTemp.renameTo(rename);
		System.exit(0);
	}
}

package backup;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;

/**
 * 将File转换成String，文件转换成字符串
 * 
 * @author wuxingye
 */
public class FileString {
	/**
	 * 
	 * @param file
	 * @return 返回文件内容，以字符串方式返回
	 */
	public static String getFileString(File file) {
		BufferedReader br = null;
		StringBuffer sb = null;
		try {
			br = new BufferedReader(new FileReader(file));
			sb = new StringBuffer();
			String str = null;
			// 一次读入一行，直到读入null为文件结束
			while ((str = br.readLine()) != null) {
				if (!str.contains("Dump completed on")) {
					// 导出数据的文件最后一行为-- Dump completed on 2014-10-26 20:03:21
					// 导出数据库的最后一行会有结束的时间，这样每次到处的文件MD5都不一样，所以去掉这一行
					sb.append(str);// StringBuffer比String快
				}
			}
			br.close();
		} catch (IOException e) {
			e.printStackTrace();
		} finally {
			if (br != null) {
				try {
					br.close();
				} catch (IOException e1) {
				}
			}
		}
		return sb.toString();
	}
}