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R包安装的正确方式(一)
2019-09-03 02:41:14 】 浏览:29
Tags:安装 正确 方式

 1 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
 2 if(! require("devtools")) install.packages("devtools")
 3 if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2")
 4 if(! require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
 5 if(! require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
 6 if(! require("ggfortify")) install.packages("ggfortify")
 7 if(! require("stringr")) install.packages("stringr")
 8 if(! require("survival")) install.packages("survival")
 9 if(! require("survminer")) install.packages("survminer")
10 if(! require("lars")) install.packages("lars")
11 if(! require("glmnet")) install.packages("glmnet")
12 
13 if(! require("timeROC")) install.packages("timeROC")
14 if(! require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")
15 
16 if(! require("randomForest")) install.packages("randomForest")
17 if(! require("ROCR")) install.packages("ROCR") 
18 if(! require("Hmisc")) install.packages("Hmisc")
19 
20 if(! require("caret")) install.packages("caret")
21 # if(! require("genefilter")) install.packages("genefilter")
22 if(! require("ggstatsplot")) install.packages("ggstatsplot")
23 
24 ### 下面的包是为了临床三线表
25 if(! require("tableone")) install.packages("tableone")
26 ## 网络不好,就不要安装了。
27 ## 而且Windows电脑安装 rJava 也经常是需要人指导的。
28 # https://github.com/rstudio/rstudio/issues/2254
29 if(! require("rJava")) install.packages("rJava")
30 if(require('rJava')){
31 
32   # https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ReporteRs/
33   if(! require("ReporteRs")) install.packages("ReporteRs")
34   devtools::install_github('davidgohel/ReporteRsjars')
35   devtools::install_github('davidgohel/ReporteRs')
36 }
37 
38 
39 library(devtools) 
40 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
41 ## 如果你的网络实在是太差,试试看:
42 # install.packages("BiocInstaller",repos="http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc")  
43 ## 很可惜你在中国大陆,不得不承受这个痛苦。
44 
45 options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
46 library('BiocInstaller')
47 if(! require('edgeR')){
48 
49   biocLite(c('airway','DESeq2','edgeR','limma'))
50 }
51 
52 if(! require("CLL")) biocLite("CLL")
53 if(! require("org.Hs.eg.db")) biocLite('org.Hs.eg.db')
54 library(BiocInstaller)
55 options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
56 if(! require("maftools")) biocLite("maftools")
57 if(! require("RTCGA")) biocLite("RTCGA")
58 if(! require("RTCGA.clinical")) biocLite("RTCGA.clinical")
59 # https://bioconductor.org/packages/3.6/data/experiment/src/contrib/RTCGA.clinical_20151101.8.0.tar.gzn
60 if(! require("RTCGA.mi  
		
R包安装的正确方式(一) https://www.cppentry.com/bencandy.php?fid=91&id=246447

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