网上找了N多资料，没有一个可以顺利成功的，郁闷，可能是水平有限吧...！本人经过不断的研究、测试，完整实现linux下启动两台Mysql，而且对mysql有了更深入的了解...废话不多说，走着！
步骤如下：
一、编译安装两个mysql，步骤如下
下载Mysql ，此处以Mysql-6.0.11-alpha.tar.gz 为例
(红色部分为默认数据库文件路径，可改成其他如：data、var等)
tar zxvf mysql-6.0.11-alpha.tar.gz
cd mysql-6.0.11-alpha
./configure --prefix=/usr/local/mysql --sysconfdir=/usr/local/mysql/etc --with-tcp-port=3306 --localstatedir=/usr/local/mysql/localstate --with-unix-socket-path=/tmp/mysql3306.sock --with-charset=utf8 --with-collation=utf8_general_ci --with-extra-charsets=gbk,gb2312,binary --enable-thread-safe-client --with-plugins=innobase --with-mysqld-user=mysql --with-charset=utf8 --with-client-ldflags=-all-static --with-mysqld-ldflags=-all-static
make && make install
安装第二个数据库(从数据库)
tar zxvf mysql-6.0.11-alpha.tar.gz
cd mysql-6.0.11-alpha
./configure --prefix=/usr/local/mysql3307 --sysconfdir=/usr/local/mysql3307/etc --with-tcp-port=3307 --localstatedir=/usr/local/mysql3307/localstate --with-unix-socket-path=/tmp/mysql3307.sock --with-charset=utf8 --with-collation=utf8_general_ci --with-extra-charsets=gbk,gb2312,binary --enable-thread-safe-client --with-plugins=innobase --with-mysqld-user=mysql --with-charset=utf8 --with-client-ldflags=-all-static --with-mysqld-ldflags=-all-static
make && make install
如需支持所有字符集 修改为：--with-extra-charsets=all 即可
二、分别初始化数据库脚本（在编译目录执行下）
scripts/mysql_install_db --basedir=/usr/local/mysql/ --user=mysql
scripts/mysql_install_db --basedir=/usr/local/mysql3307/ --user=mysql
注：可用--datadir=PATH参数指定数据库文件路径，默认为编译时-- localstatedir
三、修改从库配置文件
拷贝配置文件：
cp /usr/local/software/mysql-6.0.11-alpha/support-files/my-medium.cnf /usr/local/mysql/etc/my.cnf
cp /usr/local/software/mysql-6.0.11-alpha/support-files/my-medium.cnf /usr/local/mysql3307/etc/my.cnf
四、修改各个数据库的my.cnf文件
主要内容如下：
添加InnoDB支持：
[client]
#password = your_password
port = 3307 --数据库端口号
socket = /tmp/mysqls.sock --sock文件路径
default-character-set=utf8 --客户端UTF8连接
[mysqld]
port = 3307 --数据库端口号
socket = /tmp/mysqls.sock --sock文件路径
default-storage-engine=INNODB
default-character-set=UTF8 --默认字符集
init_connect='SET NAMES utf8' --以UTF8连接
skip-name-resolve --取消DNS反向解析
lower_case_table_names=1 --不区分表名大小写
启动数据库（进入各自目录）
主：./mysqld_safe &
从：./mysqld_safe &
配置开启自动：
cp /usr/local/software/mysql-6.0.11-alpha/support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql
cp /usr/local/software/mysql-6.0.11-alpha/support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql3307
修改/etc/init.d/mysql3007中basedir与datadir为即可
basedir=/usr/local/mysql3307
datadir=/usr/local/mysql3307/var
停止数据库
主：./mysqladmin shutdown
从：./mysqladmin shutdown
以上各项配置都可以自行修改，以满足业务需求。