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R语言学习 - 线图绘制(二)
2017-10-09 13:51:28 】 浏览:3715
Tags:语言学习 线图 绘制
profile_text$xvariable = rownames(profile_text) data_m <- melt(profile_text, id.vars=c("xvariable")) data_m$xvariable <- as.numeric(data_m$xvariable) # 这里group=variable,而不是group=1 (如果上面你用的是1的话) # variable和value为矩阵melt后的两列的名字,内部变量, variable代表了点线的属性,value代表对应的值。 p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) + stat_smooth(method="auto", se=FALSE) + theme(legend.position=c(0.85,0.2)) p
横轴文本线图
如果横轴是文本,又该怎么调整顺序呢?还记得之前热图旁的行或列的顺序调整吗?重新设置变量的factor水平就可以控制其顺序。
profile = "Pos;h3k27ac;ctcf;enhancer;h3k4me3;polII
-5000;8.7;10.7;11.7;10;8.3
-4000;8.4;10.8;11.8;9.8;7.8
-3000;8.3;10.5;12.2;9.4;7
-2000;7.2;10.9;12.7;8.4;4.8
-1000;3.6;8.5;12.8;4.8;1.3
0;3.6;8.5;13.4;5.2;1.5
1000;7.1;10.9;12.4;8.1;4.9
2000;8.2;10.7;12.4;9.5;7.7
3000;8.4;10.4;12;9.8;7.9
4000;8.5;10.6;11.7;9.7;8.2
5000;8.5;10.6;11.7;10;8.2"

profile_text <- read.table(text=profile, header=T, row.names=1, quote="",sep=";")

profile_text_rownames <- row.names(profile_text)

profile_text$xvariable = rownames(profile_text)
data_m <- melt(profile_text, id.vars=c("xvariable"))

# 就是这一句,会经常用到
data_m$xvariable <- factor(data_m$xvariable, levels=profile_text_rownames, ordered=T)

# geom_line设置线的粗细和透明度
p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) + geom_line(size=1, alpha=0.9) + theme(legend.position=c(0.85,0.2)) + theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1))
 
# stat_smooth
#p <- ggplot(data_m, aes(x=xvariable, y=value,color=variable,group=variable)) + stat_smooth(method="auto", se=FALSE) + theme(legend.position=c(0.85,0.2)) + theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1, vjust=1))
p
比较下位置信息做为数字(前面的线图)和位置信息横轴的差别。当为数值时,ggplot2会选择合适的几个刻度做标记,当为文本时,会全部标记。另外文本横轴,smooth效果不明显 

到此完成了线图的基本绘制,虽然还可以,但还有不少需要提高的地方,比如在线图上加一条或几条垂线、加个水平线、修改X轴的标记(比如0换为TSS)、设置每条线的颜色等。

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